W centralnej części ciągnie się pasmo Cordillera Real ze szczytami powyżej 6000 m m.in. Illampu - 6045 m n.p.m. i Illimani – 6405 m n.p.m. oraz pasmo Cordillera Azul o powierzchni 33 048 km². W Cordillera Real położona jest stolica Boliwii La Paz, będąca najwyżej położoną stolicą na świecie.
W południowej części Andów Środkowych po zachodniej stronie znajduje się jeden z najsuchszych regionów świata usytuowany na wysokości 1000–2000 m n.p.m. – pustynia Atakama. Od wschodniej strony jest otoczona pasmem Gór Domeyki ze szczytem Cerro Dona Ines wznoszącym się na wysokości 5070 m n.p.m. Na wschód od gór Domeyki rozciągają się pustynne tereny trawiaste zwane puną i dzielą się na Puna de Atacama, Puna de Argentina oraz Puna de Boliwia
Andy Środkowe dzielą się na dwie prowincje fizycznogeograficzne: Andy Peruwiańsko-Boliwijskie (82.1) i Andy Atakamskie (82.2)
thumb|left|250px|Puna de Atacama