Anna stanowczo sprzeciwiała się kandydaturze habsburskiej (nastąpiła wówczas bowiem podwójna elekcja – obok królewicza szwedzkiego wybrano także arcyksięcia Maksymiliana z dynastii Habsburgów), co szczególnie uwidoczniło się już po zwycięstwie zwolenników Zygmunta pod Byczyną, kiedy wspierała nawet hetmana Jana Zamoyskiego w kwestii ukarania jeńców polskich rekrutujących się spośród zwolenników arcyksięcia.
Na tronie Polski, przy jej wydatnej pomocy, zasiadł jej ukochany siostrzeniec. Anna zakładała przy tym, że Szwedzi nie pozwolą na przyjazd młodego władcy do Rzeczypospolitej, a w takim przypadku pełnia władzy spoczęłaby w jej rękach jako regentki. W celu sparaliżowania akcji Habsburgów obiecywała małżeństwo arcyksięcia Maksymiliana z Anną Wazówną. Sprzeciwiała się także małżeństwu króla z protestancką księżniczką holsztyńską Krystyną, będąc jednomyślną w tym względzie z katolickimi senatorami Rzeczypospolitej. O ile tutaj Zygmunt III postąpił zgodnie z jej wolą, to w innych kwestiach okazał się jednak odporny na wpływy ciotki, która dodatkowo w 1592 popadła w ostry konflikt o tytuł królowej Polski z Anną Habsburżanką.