Zwolennicy teorii flogistonu próbowali ratować swoją koncepcję, postulując istnienie dwóch odmian flogistonu – o „masie” dodatniej i ujemnej.
Obalenie
Obalenie tej teorii przypisuje się uczonym Michaiłowi Łomonosowowi i Lavoisierowi, którzy (eksperymentując niezależnie od siebie) ogrzewali metale w zamkniętym naczyniu, ważąc układ (metal, naczynie z powietrzem, rdzę) przed i po doświadczeniu. Ponieważ ciężar był taki sam, a w naczyniu pojawiało się podciśnienie, Lavoisier stwierdził, iż proces rdzewienia polega na łączeniu metalu z jednym ze składników powietrza, który został nazwany przez niego tlenem. Analogicznie, wytapianie metalu to przejście tlenu z rudy do węgla. Przy okazji Lavoisier zaproponował też prawo zachowania masy, które stwierdza, że „w przyrodzie nic nie ginie” i nie ma niczego, co by miało ujemną masę. Zasada ta obowiązuje do dzisiaj (z pewną modyfikacją wynikającą z równoważności masy i energii) i stanowi jeden z podstawowych paradygmatów współczesnej nauki.