W czasie okupacji niemieckiej z miasta wysiedlono 57 rodzin (225 osób), aresztowano i umieszczono w obozach zagłady dalsze 513 osób (w tym 58 dzieci z Mosiny). Dzieci zostały wywiezione do rejencji łódzkiej i umieszczone w obozie koncentracyjnym dla dzieci w Łodzi„Dzieci polskie oskarżają”, Józef Wnuk, Helena Radomska-Strzemecka, PA, Warszawa 1961. W lasach okalających miasto w latach 1940–1943 dokonano licznych egzekucji ludności cywilnej. Terror i prześladowania okupanta niemieckiego spowodowały narastanie oporu społecznego – w Mosinie działały grupy bojowe Związku Walki Zbrojnej, Armii Krajowej, Związku Odwetu oraz harcerskich Szarych Szeregów. Armia Czerwona zajęła Mosinę w dniu 25 stycznia 1945 roku.
Okres powojenny W latach 1975–1998 miasto administracyjnie należało do woj. poznańskiego. Według danych z 31 grudnia 2017 miasto liczyło 13 762 mieszkańców.