Krzysztof Z. Nowakowski, Administracja Apostolska Łemkowszczyzny w latach 1939-1947, (w:) Polska - Ukraina. 1000 lat sąsiedztwa, t. 3, Przemyśl 1996, s. 235.. W 1940 wystosował petycję do okupacyjnych władz niemieckich o odebranie rzymskim katolikom kościoła parafialnego w Sanoku pw. Przemienienia Pańskiego i przekazania go grekokatolikom.
Na początku 1944 przeniósł ordynariat z Sanoka do Krynicy. Dzięki niemu Krynica stała się w okresie okupacji Polski ważnym ośrodkiem ukraińskiego życia narodowego. 26 lutego 1945 Małynowski podjął się ponownej konsolidacji ordynariatu AAŁ. Opuścił Krynicę i przeniósł swoją siedzibę do Wróblika Szlacheckiego. We Wróbliku nawiązał kontakty z pozostałymi księżmi pełniącymi posługę we wschodnich dekanatach AAŁ.
20 marca 1945 Małynowski zwołał kongregację duchowieństwa AAŁ. Uczestnikami spotkania byli ks. I. Pidharbi, proboszcz z Czerteża, ks. Konstanty Polański, proboszcz z Zahutynia, ks. Iwan Cehełyk, ks. Stepan Menciński z Nowosielec, ks. wikariusz generalny S. Jadłowski, ks. Teofil Kmycikiewicz z Surowicy, ks. Zinowij Fedorowicz z Daliowej. W trakcie obrad powołani zostali nowi członkowie Rady (kapituły) AAŁ: ks. K. Polański, ks. Stepan (Stefan) Wenhrynowicz, ks. I. Cehełyk, ks. S. Jadłowski, ks. T. Kmycikiewicz.