Spokrewnione rodzaje roślin bywają bardzo podobne, np. z występujących lub uprawianych w Europie Środkowej mylić się z moczarkami mogą przedstawiciele rodzaju moczarnica Egeria i przesiąkra (Hydrilla).
Nazewnictwo i systematyka Homonimy taksonomiczne Elodea L. C. Richard, Elodea J. Saint-Hilaire Synonimy taksonomiczne Philotria Rafinesque, Udora Nuttall
Systematyka według Angiosperm Phylogeny Website (aktualizowany system APG IV z 2016) Jeden z 7 rodzajów wyróżnianych w obrębie podrodziny Anacharidoideae wchodzącej w skład rodziny żabiściekowatych (Hydrocharitaceae), która należy z kolei do rzędu żabieńcowców (Alismatales).
Pozycja w systemie Reveala (1993–1999) Gromada okrytonasienne (Magnoliophyta Cronquist), podgromada Magnoliophytina Frohne & U. Jensen ex Reveal, klasa jednoliścienne (Liliopsida Brongn.), podklasa żabieńcowe (Alismatidae Takht.), nadrząd Alismatanae Takht., rząd żabiściekowce (Hydrocharitales Dumort.), podrząd Alismatineae Engl., rodzina żabiściekowate (Hydrocharitaceae Juss.), rodzaj moczarka (Elodea