Śmierć i pogrzeb Zmarła 10 lutego 1598 w Warszawie wskutek komplikacji ciążowych. W momencie śmierci była w zaawansowanej ciąży. Nadworny lekarz wykonał pośpiesznie cesarskie cięcie, ale nowonarodzony syn Krzysztof zmarł zaraz po narodzinachJerzy Besala „Małżeństwa królewskie. Władcy elekcyjni„, Bellona-Muza, Warszawa 2007, str. 88,Edward Rudzki „Polskie królowe„ Instytut Prasy i wydawnictwo Novum, Warszawa 1987, str. 66. Została pochowana w katedrze wawelskiej.
Józef ŁukaszewiczJózef Łukaszewicz Krótki opis historyczny kościołów parochialnych w dawnej diecezyi poznańskiej t. III, Nakładem Księgarni J.K. Żupańskiego, Poznań 1863, ss 341 i 342 tak opisuje uroczystości pogrzebowe królowej (pisownia oryginalna):… gdy w roku 1598 dnia 4. Lutego umarła w Warszawie Anna Austryjaczka, pierwsza żona Zygmunta III., ciało jej przybrane w szaty królewskie leżało cały tydzień na katafalku w niezamkniętej trumnie w jednej z sal zamku warszawskiego, poczem przeniesionem zostało do kaplicy królewskiejw „Kolegiacie i kościele parochialnym pod tytułem ś. Jana Chrzciciela” – obecnie bazylika archikatedralna św. Jana Chrzciciela w Warszawie (zapewne owej zwanej książęcą), gdzie przez 21 miesięcy stało w trumnie zamkniętej. Około trumny paliło się dzień i noc 10 świec jarzęcych i 20 lamp;