Król Bhagan zjednoczył i wzmocnił Ladakh, a także dał początek dynastii Namgyal, która przetrwała do dzisiejszych czasów. Namgyalowie odparli najazdy ze środkowej Azji, a nawet tymczasowo rozszerzyli terytorium królestwa aż do Nepalu, w odpowiedzi na próby nawrócenia całego regionu na islam i zniszczenie buddyjskich obiektów sakralnych. Od początku XVII wieku czynili wysiłki by odbudować zniszczone gompy i inne obiekty. W tym czasie obszar królestwa powiększył się o Zanskar i Spiti. Ladakh jednak został podbity przez Wielkich Mogołów, którzy wcześniej zagarnęli Kaszmir i Baltistan, jednak wkrótce odzyskał niepodległość.
thumb|250px|Dokument prawny króla Ladakhu z 1697 Pod koniec XVII wieku Ladakh wziął stronę Bhutanu w konflikcie z Tybetem, czego efektem była tybetańska inwazja na królestwo. Z pomocą przyszedł Kaszmir, który przywrócił prawowitych władców pod warunkiem, że w Leh zostanie wybudowany meczet, a cały region przejdzie na islam. Traktat z Temisgam z 1684 r. zakończył konflikt pomiędzy Ladakhiem a Tybetem, w dużym stopniu ograniczył jednak ladakhijską niepodległośćhttps://web.archive.org/web/20100523205442/http://www.jammukashmirleh.com/JKinfo(Latest)/New%20Ladakh/history.html (ang.)..