Pierwszy raz w wyniku potopu szwedzkiego, pomimo starannej ewakuacji najcenniejszych pamiątek zainicjowanej przez biskupa Piotra Gembickiego, pozostawiona część skarbca oraz katedra były trzykrotnie łupione przez Szwedów, ponadto na cele wojenne przetapiano argenteria, m.in. kielichy po Zbigniewie Oleśnickim, Fryderyku Jagiellończyku (także jego pastorał) i Tomaszu Strzępińskim. W XVIII wieku miały miejsce kolejne rabunki, kontrybucje lub przetopienia klejnotów, najpierw przez Szwedów, którzy podczas wojny północnej zdobyli Kraków, następnie na rzecz wojska rosyjskiego i przede wszystkim na potrzeby insurekcji kościuszkowskiej. Z drugiej strony w okresie baroku skarbiec otrzymał z rąk biskupów i kanoników kolejne paramenty i argenteria. Na pamiątkę zwycięstwa pod Wiedniem w 1683 roku Jan III Sobieski ofiarował katedrze strzemię wielkiego wezyra Kara Mustafy.