Jej publikacje i wykłady były głównie z zakresu filozofii przyrody oraz epistemologii.
W ciągu swojego życia Eilstein napisała ponad 110 prac naukowychGóralczyk M., Lista publikacji profesor Heleny Eilstein, „Filozofia Nauki”, 2010, Rok XVII, Nr 2.. Helena Eilstein pisała także bajki filozoficzne, które ukazały się po jej śmierciHelena Eilstein, Opowieść o Dzierżysłowie, O Alkasynie i Nikoletcie, O siedmiu braciach i ich siostrze, O zaczarowanej królewnie i O królewiczu, który zabił dzika, Przegląd Filozoficzno-Literacki, Numer 3, 2010..
Zmarła w Warszawie. Pochowana została na cmentarzu komunalnym Północnym na Wólce Węglowej.
Prace Publikacje książkowe Jedność materialna świata (Zbiór artykułów pod red. Heleny Eilstein) (Książka i Wiedza, Warszawa 1961) Jeśli się nie wierzy w Boga... Czytając Kołakowskiego (1991) Homo sapiens i wartości (Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa 1994, ) Life Contemplative, Life Practical (o fatalizmie), niektóre rozdziały (Poznan Studies, 1997) Uwagi ateisty o micie Ukrzyżowania (Wydawnictwo Fundacji Humaniora, Poznań 1997, ) Szkice ateistyczne (wyd. Bałtyckiej Wyższej Szkoły Humanistycznej, Koszalin 2000, ) Biblia w ręku ateisty (IFiS PAN, Warszawa 2006, ).