Obsługiwane formaty plików Aplikacja obsługuje natywnie formaty MP3, AAC, Ogg Vorbis, FLAC, WMA, APE, MPC oraz WAV. MediaMonkey umożliwia zgrywanie płyt CD na dysk twardy i zakodowanie w wybranym formacie. Pliki muzyczne mogą być konwertowane pomiędzy obsługiwanymi formatami.
MediaMonkey zawiera rozbudowany edytor tagów, pozwalający na zapis formatów ID3v1, ID3v2.4, Vorbis comment, WMA, APEv2 i RIFF. Możliwy jest także odczyt tagów z plików WAV.
Synchronizacja z urządzeniami przenośnymi MediaMonkey pozwala – za pomocą jednego przycisku – na szybką synchronizację utworów i list odtwarzania z następującymi urządzeniami przenośnymi: Apple iPod Standard, Mini, Photo, Shuffle, Nano, Classic, Touch + Touch v2, iPhone + iPhone 3G Iriver iFP-8xx, iFP-9xx, PMC-120, H10, N-xx, PMP-1xx, H120, H320, H340, T10 Creative ZEN Xtra, Micro, Neeon, Sleek, Touch, Vision, Vision:M, V, V Plus, ZEN Microsoft Zune obsługa możliwa po wykonaniu zmiany w rejestrze Sandisk Sansa Slot, Fuze, View, Clip, Shaker, Express, c200, e200, Connect, c100, m200, e100 wybrane modele telefonów komórkowych inne urządzenia przenośne (np.