Na przełomie lat 60. i 70. rozpoczął aktywną działalność jako scenarzysta. W 1969 r. powstał film Andrzeja Wajdy Polowanie na muchy, do którego Głowacki napisał scenariusz. Jednak prawdziwym sukcesem okazał się dopiero obraz stworzony we współpracy z Markiem Piwowskim pt. Rejs. Ponadto napisał scenariusze do filmów Trzeba zabić tę miłość (1972) Janusza Morgensterna, Choinka strachu (1982) Tomasza Lengrena, Wałęsa. Człowiek z nadziei (2013) Andrzeja Wajdy. Pisał dialogi do filmu Jej portret (1974) Mieczysława Waśkowskiego, wspólnie z Łukaszem Zadrzyńskim był scenarzystą Billboardu (1998). Wspólnie z Pawłem Pawlikowskim był scenarzystą Zimnej wojny (2018), która znalazła się w oficjalnej selekcji Międzynarodowego Festiwalu Filmowego w Cannes i była nominowana do Oscara w trzech kategoriach. Film zdobył liczne nagrody, w tym nagrodę dla najlepszego reżysera w Cannes, którą Paweł Pawlikowski dedykował Januszowi Głowackiemu. Pawlikowski i Głowacki byli również nominowani do nagrody BAFTA za najlepszy scenariusz oryginalny (2019).