Pod koniec II wojny światowej część zbiorów wywieziono do Niemiec, inne (np. II traktat toruński Mariana Jaroczyńskiego) ukryli polscy pracownicy Muzeum. Część zrabowanych eksponatów (m.in. rysunki Torunia Georga Friedricha Steinera, drzeworyt Albrechta Dürera Św. Hieronim w pustelni) odnaleziono później we Wyrzysku i Marburgu.
Historia najnowsza W 1945 roku stanowisko tymczasowego kustosza muzeum pełnił Kazimierz Waluk, kierownictwo instytucji objęła Halina Tarnowska-Załęska. Pod koniec 1946 roku Muzeum wróciło do Ratusza. W 1947 roku dyrektorem Muzeum został prof Jerzy Remer. W 1950 roku Muzeum przyjęło nazwę Muzeum Pomorskie w Toruniu. Przekształconą placówkę podniesiono do rangi placówki ministerialnej. W tym samym roku Muzeum Pomorskie przekazało do Muzeum Kultur Ludowych w Młocinach kilkaset dzieł sztuki pochodzenia pozaeuropejskiego. Przekazane zbiory pochodziły przypuszczalnie z kolekcji Städtisches Museum. W 1955 roku obniżono rangę muzeum do placówki regionalnej. Samo Muzeum podporządkowano Wojewódzkiej Radzie Narodowej w Bydgoszczy. W latach 1957–1964 roku przeprowadzono remont generalny Ratusza. Remont miał przystosować budynek w całości do potrzeb muzealnych. W 1965 roku placówka przyjęła nazwę Muzeum Okręgowe w Toruniu.