Maksymiliana Marii Kolbego w Kępkach przeprowadzonej przez Biskupa Pomocniczego Józefa Wysockiego dnia 30 maja 2005 roku” potwierdza fakt przeprowadzenia wizytacji w dniu 1 października 1999 i brak protokołu powizytacyjnego. Dekretem z dnia 16 stycznia 2003 biskup elbląski Andrzej Śliwiński włączył do parafii Kępki część miejscowości Kępiny Małe (dotychczas w całości należącej do parafii w Marzęcinie). W parafii istniała jedna kaplica filialna w Bielniku II, która mieściła się w świetlicy dawnego PGR. Kaplica została zlikwidowana w 2003 roku, a mieszkańcy Bielnika II i Janowa uczęszczają od tej pory do kościoła parafialnego w Kępkach. Jednym z wieloletnich problemów parafii był brak samodzielnej plebanii – co często podkreślali biskupi elbląscy w dokumentach wizytacyjnych. Kolejni proboszczowie, w latach 1992-2002, zamieszkiwali w wynajmowanych domach albo w malutkim pokoiku usytuowanych na piętrze kościoła. Ustanowiony proboszczem w dniu 22 kwietnia 2002 roku ks. Grzegorz Królikowski podjął się intensywnej rozbudowy dotychczasowego kościoła (wyremontowano zakrystię, w której mieści się również kancelaria parafialna).