Jako dowódca Gestapo Müller był odpowiedzialny tylko przed Heydrichem, a po jego śmierci przed Ernstem Kaltenbrunnerem.

Heinrich Müller był bezpośrednio odpowiedzialny za zbrodnie popełnione przez Gestapo podczas wojny. Z polecenia Himmlera zaplanował i kierował prowokacją w Gliwicach 31 sierpnia 1939. Uczestniczył w konferencji w Wannsee. Osobiście przesłuchiwał też co ważniejszych więźniów Gestapo, m.in. w 1943 generała „Grota” Roweckiego. 4 marca 1944 wydał rozporządzenie znane pod nazwą Kugel-Erlass (pol. „dekret o kulkach”), nakazujący zabijanie polskich i radzieckich jeńców wojennych, złapanych po nieudanej ucieczce. Kierował też specjalną komisją śledczą w RSHA, badającą sprawę zamachu na Hitlera z 20 lipca 1944. Jego podwładnym był Adolf Eichmann, który należał do głównych „architektów” planów Holocaustu.

W opisach mu współczesnych Był szczupłym, niewielkiego wzrostu mężczyzną o szaroniebieskich oczach i „ujmującej powierzchowności” (według relacji oficera brytyjskiego wywiadu Sigismunda Payne’a Besta). W rozmówcę wpatrywał się badawczo, cechowała go skupiona uwaga i niezwykłe opanowanie. Unikał rozgłosu, rzadko pojawiając się publicznie, mało udzielał się w życiu towarzyskim elity III Rzeszy.