Na początku 1993 roku Cymbałar wyjechał jednak do Rosji i podpisał kontrakt ze stołecznym Spartakiem. Już w tym samym sezonie wywalczył miejsce w składzie, a następnie został po raz pierwszy w karierze mistrzem Rosji. W barwach Spartaka zadebiutował też w rozgrywkach Ligi Mistrzów. W 1994 roku wywalczył dublet (mistrzostwo + puchar), a w następnie w 1996, 1997, 1998 i 1999 roku zdobywał kolejne tytuły mistrza kraju, do tego dokładając krajowy puchar w 1998. W 1995 roku został wybrany Piłkarzem Roku w Rosji. Przy jego boku rozbłysła wówczas gwiazda Jegora Titowa, który z czasem wygryzł Ilję ze składu i w 1999 roku odszedł on z zespołu. Dla Spartaka wystąpił w 146 meczach i strzelił w nich 42 gole.
W 2000 roku Cymbałar przeszedł do lokalnego rywala Spartaka, Lokomotiwu Moskwa i wspomógł go w walce o mistrzostwo, jednak ostatecznie to Spartak został mistrzem, a Lokomotiw uplasował się na drugiej pozycji. W 2001 roku przeszedł do Anży Machaczkała, gdzie sporadycznie występował przez dwa lata, a w 2002 roku po spadku klubu do Pierwszej Dywizji postanowił zakończyć karierę.