(Sobolewski 47' Bajera 104' – Reiss 9') Świt Nowy Dwór Mazowiecki – Legia Warszawa 1:3 (Kryński 9' – Karwan 33' 85' Włodarczyk 90') Varta Namysłów – Odra Wodzisław Śląski 1:1, k. 2:4 (Konon 68' – Malinowski 81')
1/8 finału Mecze zostały rozegrane 7 listopada 1998.
RKS Radomsko – Wisła Kraków 3:1 (Rogan 60' Kukulski 72' Tomasiak 90' – Czerwiec 29') Aluminium Konin – Odra Wodzisław Śląski 1:0 (Bugaj 70') Amica Wronki – ŁKS Łódź 2:1 (Król 62' Jackiewicz 76' – Batata 67') Petrochemia Płock – Stomil Olsztyn 0:1 (Szwed 29') GKS Bełchatów – Legia Warszawa 0:0, k. 3:2 Groclin Grodzisk Wielkopolski – Widzew Łódź 0:4 (Szymkowiak 51' 68' Gula 54' Citko 82') Korona Kielce – GKS Katowice 1:0 (Pietrasiński 45') Wawel Kraków – Ruch Chorzów 0:3 (Mizia 68' Dżikia 79' Śrutwa 81')
Ćwierćfinały Pierwsze mecze zostały rozegrane 10 marca 1999, a rewanże 14 kwietnia 1999.