thumb|Relikty kościoła św. Michała na mapie Wawelu Kościół św. Michała – gotycki kościół, wznoszący się od średniowiecza na wzgórzu wawelskim w Krakowie, zburzony w latach 1803–1804.
Historia Data powstania kościoła oraz jego pierwotny wygląd nie są znane. Według Jana Długosza miał zostać zbudowany przez Mieszka I. Kościół jest wymieniony w bulli papieża Eugeniusza III z 1148 jako uposażenie biskupstwa kujawskiego; Jan Długosz wspomina, że w 1086 został mu nadany przez księżną Judytę. Z tej samej bulli wiadomo, że już wtedy była to kolegiata (fundował ją Władysław Herman). W toku badań archeologicznych odnaleziono relikty murów romańskich, w związku z czym część badaczy przypuszcza, że świątynia ta była murowana.
Część badaczy w przeszłości uważała, że historia kościoła św. Michała sięga do czasów przedpiastowskich i przypisywała mu szczególne znaczenie. M.in. Tadeusz Wojciechowski przypuszczał, że wzniesiono go na miejscu pogańskiego kultu i był to najstarszy kościół na Wawelu. Z kolei Henryk Łowmiański wysunął hipotezę, że kościół pełnił funkcję katedry dla pierwszego biskupa krakowskiego Prohora.