W 1723 roku powołano kolegium księży mansjonarzy, ufundowane przez ks. Franciszka Józefa Goźlińskiego, a kościół został podniesiony do godności prepozytury. W latach 1680 i 1782 kościół był zniszczony przez pożar. W 1788 roku na polecenie władz austriackich mury kościoła zostały rozebrane.
Przez ponad 100 lat proboszczowie parafii odprawiali msze święte w kościele oo. Franciszkanów. W latach 1874–1886 staraniem proboszcza ks. Franciszka Salezego Czaszyńskiego, zbudowano obecny murowany kościół, według projektu arch. inż. Józefa Braunseisa. 19 grudnia 1886 roku ks. Franciszek Czaszyński poświęcił kościół, a na pasterkę odprawiono pierwszą mszę świętą. Po wykonaniu prac wykończeniowych, 12 czerwca 1897 roku bp Jakub Glazer dokonał konsekracji kościołaRys historyczny parafii Przemienienia Pańskiego w SanokuHistoria kościolaRocznik Archidiecezji Przemyskiej 1997. Album (s. 451-452) .
W marcu 1945 roku spod administracji parafialnej wyłączono Posadę i Zahutyń. W przeszłości do parafii należała także dzielnica Dąbrówka oraz podsanockie wsie: Sanoczek, Czerteż, Międzybrodzie, Trepcza, zaś w 1969 roku nastąpił podział parafii, w wyniku którego powstały Parafia Podwyższenia Krzyża Świętego i Parafia Najświętszej Maryi Panny.
Na terenie parafii jest 9560 wiernychRocznik Archidiecezji Przemyskiej 2015 (s.