Przyjmuje się, że pojemniejsza mózgoczaszka czy większy mózg może (lub powinien) generalnie wskazywać na potencjalnie większą inteligencję organizmu. W rzeczywistości jednak pojemniejsza czaszka w oczywisty sposób często nie oznacza większej inteligencji. Wielkość czaszki/mózgu jest wysoko skorelowana z wielkością zwierzęcia. Np. porównaj wielkości mózgu słonia (5–6 kg) i człowieka (ok. 1,5 kg). Ponadto nawet u osobników tego samego gatunku o zbliżonej masie ciała istnieją niewpływające na obserwowalną inteligencję znaczące różnice w wielkości mózgu. Spekuluje się, że większy mózg może być konieczny do kontroli bardziej umięśnionego ciała, albo jako element przystosowania do życia w zimnym klimacie itp.
Rozwinięto także bardziej złożone kryteria porównania cech anatomicznych z „inteligencją”, np. stosunek objętości mózgu do masy ciała zwierzęcia (współczynnik encefalizacji).