Okres przejściowy 1807 Dekret Napoleona z 14 stycznia 1807 roku ustanawiający Komisję Rządzącą ustalał przyszły podział kraju na 6 departamentów: warszawski, poznański, kaliski, bydgoski, płocki i białostocki. Z wyjątkiem nieistniejącego w Prusach departamentu bydgoskiego, pozostałe jednostki administracyjne odpowiadały departamentom Prus Południowych i Prus Nowowschodnich.
Departament bydgoski tworzono w oparciu o deputację będącą częścią departamentu kwidzyńskiego Prus Zachodnich. Deputacja bydgoska obejmowała Obwód Nadnotecki zagarnięty podczas I rozbioru. W jej skład wchodziły powiaty: bydgoski, wałecki, kamieński i inowrocławski. Przejściowo w skład departamentu wchodził również powiat chojnicki. Ostatecznie na mocy pokoju w Tylży w departamencie bydgoskim pozostały powiaty bydgoski i inowrocławski oraz małe części wałeckiego i kamieńskiego. Do departamentu włączono też powiaty chełmiński (lecz bez Grudziądza) i michałowski, wchodzące wcześniej w skład departamentu kwidzyńskiego (utworzono z części ich obszarów nowy powiat toruński), jak też trzy powiaty kujawskie odłączone od departamentu poznańskiego (brzeski, kowalski i radziejowski).