Życie prywatne W latach 1992–1993 był związany z Celeste Moreno. W lipcu 1995 ożenił się z aktorką i fotograf Carmen Llywelyn. W lipcu 2001 doszło do rozwodu. Od listopada 2001 do września 2007 był w związku z Beth Riesgraf, z którą ma syna Pilota Inspektora Riesgrafa-Lee (ur. 28 września 2003). Pomysł na nietypowe imię para zaczerpnęła z piosenki „He’s Simple, He’s Dumb, He’s the Pilot” amerykańskiej indierockowej grupy Grandaddy. We wrześniu 2007 na koncercie podczas wakacji w Wielkiej Brytanii poznał modelkę i aktorkę Cerena Alkaç. 1 lipca 2008 para wzięła potajemnie ślub w Kalifornii. Mają trójkę dzieci: dwie córki - Casper (ur. 10 sierpnia 2008) i Albertę „Birdy” (ur. 2017) oraz syna Sonny’ego (ur. 16 czerwca 2012).
Lee do roku 2016 był członkiem Kościoła scientologicznego.