Stanisław Bakun szef Naczelnej Kontroli – płk Bronisław Wędziagolski biskup polowy Wojsk Litwy Środkowej – bp Władysław Bandurski dowódca 1 DLB – gen. ppor. Władysław Bejnar dowódca 2 DLB – gen. ppor. Mikołaj Osikowski
W kwietniu 1921 gen. ppor. Daniel Konarzewski został mianowany zastępcą gen. Żeligowskiego. 1 grudnia 1921 roku został on Naczelnym Dowódcą Wojsk Litwy Środkowej. Był nim do czasu zjednoczenia Litwy Środkowej z Rzecząpospolitą.
W ostatnim okresie istnienia Wojsko Litwy Środkowej w rzeczywistości stanowiło autonomiczną część sił zbrojnych Rzeczypospolitej.
Już we wrześniu 1921 zaczęto przemianowywać pułki Wojsk Litwy Środkowej zgodnie z numeracją ustaloną dla całości Wojska Polskiego. Miński pułk strzelców przyjął nazwę 86 pułku piechoty, a 2 pap został przemianowany na 29 pułk artylerii polowej. Jesienią 1921 1 i 2 Dywizja Piechoty Litewsko-Białoruska otrzymały numerację 19 DP i 29 DP. Wojska Litwy Środkowej, chociaż na zewnątrz występowały samodzielnie, to jednak znajdowały się w strukturach operacyjnych polskiej 2 Armii, funkcjonując nadal jako Grupa Operacyjna "Bieniakonie".