W sprawach konfliktu z rządem włoskim, papież stwierdził, że polityka Leona XIII nie sprawdziła się. Usiłował jednak dążyć do kompromisu w tej sprawie i rozluźnienia napiętych relacji, przez co złagodził nieco zakaz udziału katolików w wyborach. Działania Piusa i sekretarza stanu Rafaela del Vala doprowadziły do zerwania stosunków dyplomatycznych z Francją, 30 lipca 1904. Tamtejszy premier Émile Combes rozwiązał konkordat z 1801, rozdał posiadłości kościelne instytucjom świeckim i w 1905 wprowadził rozdział kościoła od państwa. Podobne ustalenie przeprowadzono w 1911 w Portugalii, natomiast Pius stanowczo zaprotestował przeciwko obu zarządzeniom i zabronił duchownym jakiegokolwiek porozumienia z władzami.
Jednak we wszystkich swoich działaniach czuł się w pewnym sensie osamotniony. Nie znajdował odpowiedniego wsparcia w realizacji swoich celów, związanych z pontyfikatem. Sam Pius X ujął to słowami: De gentibus non est vir mecum (Nie ma nikogo, kto by mnie wspierał).
Kreował 50 kardynałów na siedmiu konsystorzach. Jest patronem Bractwa Kapłańskiego Świętego Piusa X – skupiającego duchownych podzielających jego poglądy oraz będących przeciwnikami zmian posoborowych.