Kolejna wyprawa na Jagiellonii miała miejsce w 1994 roku – rejs do Hiszpanii i Portugalii podczas którego wzięła udział w Operacji Żagiel. Żeglarze mieli możliwość spotkać księcia Karola, uczestniczyli w paradzie w A Coruña, fiescie w Muros (Hiszpania), odwiedzili wyspę Jersey, ciekawe zaułki w Amsterdamie. W sumie, podczas tego rejsu przez pokład Jagielloni przewinęło się 40 żeglarzy, którzy wzięli udział w wyprawie.
W 1995 roku Jagiellonia żeglowała w Sail Karlskrona.
W 1999 roku odbył się rejs do Amsterdamu, a na pokładzie jednostki miała miejsce akcja promocyjna Festiwalu Kraków 2000.
W 2000 roku wzięła udział regatach Cutty Sark Tall Ships’ Races (Operacja Żagiel)
W 2004 roku odbyła 5 rejsów o charakterze stażowo – turystycznym. W ostatnim rejsie, jedynym w tym roku na Morze Północne, jedna ze sztormowych fal spowodowała poważną awarię (między innymi zostały połamane wręgi i poszycie kadłuba w części dziobowej).
W 2008 roku – rejs etapowy na Wyspę Niedźwiedzią.