Lata 1999–2003 Historia blue Islands rozpoczyna się w 1999, kiedy to linia ta została założona. Początkowo linia nazywała się Le Cocq’s Air Link, i obsługiwała loty pomiędzy Bournemouth a Alderney. Lotami tymi na wyspy były dostarczane łatwo psujące się towary. Do obsługi tych połączeń używano samolotów Britten-Norman Islander.
W 2002 linie Le Cocq’s Airlink otworzyły swą pierwszą trasę pasażerską. Było to połączenie między lotniskiem na wyspie Alderney a lotniskiem w Bournemouth. Do obsługi tej trasy linia podobnie jak w lotach towarowych używała samolotów Britten-Norman Islander. W ciągu pierwszego roku lotów pasażerskich linie Le Cocq’s Airlink przewiozły ok. 10 000 pasażerów.
Lata 2003–2006 W ciągu kolejnych trzech lat w liniach przeszło wiele zmian, a najważniejszymi z nich były: zmiana nazwy linii z Le Cocq’s Airlink na Rockhopper w 2003, zmiana właściciela linii w 2004, a ówczesną najważniejszą zmianą dotyczącą funkcjonowania linii było przeniesienie głównej bazy operacyjnej z lotniska Alderney na lotnisko Jersey w 2006 roku.
W 2004 mimo zmiany nazwy linia pobiła swój rekord liczby przewiezionych pasażerów – w całym 2004 przewieziono ich ok.