Lata 2016–2020 Na początku 2016 Blue Islands stało się partnerem franczyzowym innej linii lotniczej – Flybe. Od tej pory samoloty Blue Islands obsługiwały niektóre połączenia Flybe, w zamian, w razie potrzeby Flybe wysyłało na trasy Blue Islands swoje większe samoloty. Dodatkowym punktem dla rozwoju Blue Islands było też to że mogły one działać pod bardziej znaną marką, a samoloty linii były w malowaniu Flybe. Oprócz tego Blue Islands korzystało z systemów rezerwacyjnych większej linii. Blue Islands jednak pozostało niezależne od Flybe, m.in. zachowało swój zarząd, zachowało dla siebie również możliwość decyzji w sprawach wewnętrznych oraz w sprawach floty.
Pierwsze loty obsługiwane przez Blue Islands w ramach franczyzy z Flybe rozpoczęły się 6 czerwca 2016.
W 2019 padł kolejny rekord obsłużonych przez Blue Islands podróżnych; przez cały rok Blue Islands przewiózł 415 000 pasażerów.
Lata 2020- Na początku marca 2020 Flybe ogłosiło upadłość. Blue Islands będąc niezależnym od upadającej linii dalej kontynuował lokalne loty między wyspami oraz między archipelagiem a Wielką Brytanią, tym razem już pod swoją własną marką.