W 2001 otwarta została nowa wystawa poświęconą odkryciom paleontologicznym z Krasiejowa koło Opola na cmentarzysku gadów i płazów triasowych. Ekspozycja objęła zarówno okazy jak i rekonstrukcje zwierząt wodnych i lądowych. W 2003 dział antropologiczny wzbogacił się o rekonstrukcję australopiteka. W 2005 zakończono modernizację stałej wystawy i powstały między innymi nowe rekonstrukcje szkieletów dinozaurów odkrytych w Mongolii. W 2007 otwarto nową wystawę Muzeum i Instytutu Zoologii PAN Zabójcy bez winy prezentująca różne drapieżniki.
W 2009, z okazji 150-lecia pierwszego wydania dzieła O powstawaniu gatunków Karola Darwina otwarto wystawę poświęconą wyjściu kręgowców na ląd.
Eksponaty szkielety i jaja dinozaurów z Mongolii (zarówno oryginalne jak i odlewy), m.in.