Franck znany był przede wszystkim jako doskonały improwizator, a do dziś powszechnym uznaniem cieszy się głównie jego twórczość kompozytorska na organy. Utworem Grand pièce symphonique zapoczątkował tak zwany symfonizm organowy, który charakteryzował się orkiestrowym traktowaniem instrumentu (wybór konkretnie zaplanowanych głosów, płynna modyfikacja dynamiki brzmienia) oraz był nieodłącznie związany z instrumentami wielkiego organmistrza, Aristide'a Cavaillé-Colla. Kontynuatorami symfonizmu organowego byli: Charles-Marie Widor, Alexandre Guilmant, Henri Mulet i Louis Vierne. Franck brał udział w inauguracji wielu nowo powstających organów budowanych przez ówczesnych najwybitniejszych twórców.
Ostatnim cyklem utworów organowych jest zbiór „Trzech chorałów” (E-dur, h-moll, a-moll). Chorał a-moll jest ostatnim utworem autora, stworzonym jesienią 1890 roku, gdy Franck odbywał rekonwalescencję po wypadku samochodowym, któremu uległ w Paryżu.
Prócz utworów na organy pisał także utwory orkiestrowe (Symfonia d-moll, Wariacje symfoniczne, poematy symfoniczne: Les Éolides, Le chasseur maudit, Rédemption, Les Djinns) i kameralne (Sonata A-dur na skrzypce i fortepian, Kwintet smyczkowy f-moll).