14 października 2009 został powołany przez prezydenta Lecha Kaczyńskiego na urząd ministra spraw wewnętrznych i administracji w rządzie Donalda Tuska; tego dnia przestał pełnić funkcję wojewody małopolskiego. W kwietniu 2010 został członkiem Międzyresortowego Zespołu do spraw koordynacji działań podejmowanych w związku z tragicznym wypadkiem lotniczym pod Smoleńskiem, powołanego przez premiera Donalda Tuska po katastrofie polskiego Tu-154 w Smoleńsku, a 28 kwietnia 2010 objął stanowisko przewodniczącego Komisji Badania Wypadków Lotniczych Lotnictwa Państwowego badającej przyczyny katastrofy. Efektem prac tej komisji był raport końcowy dotyczący przyczyn katastrofy polskiego Tu-154 w Smoleńsku z 10 kwietnia 2010, przekazany do zatwierdzenia prezesowi Rady Ministrów i następnie opublikowany 29 lipca 2011 po ponad 15 miesiącach prac. 31 maja 2010 w siedzibie rządu rosyjskiego w Moskwie podpisał memorandum określające warunki przekazania stronie polskiej i zasady późniejszego wykorzystania materiałów z czarnych skrzynek polskiego samolotu Tu-154M nr 101.
20 maja 2010 tymczasowo wykonujący obowiązki prezydenta Bronisław Komorowski powołał go w skład Rady Bezpieczeństwa Narodowego.