Wyjechał do Gdańska, gdzie był duchownym w zborze braci polskich (wygłaszał kazania w języku niemieckim dla nowych konwertytów). Wyróżniał się liberalnymi poglądami, nie był doktrynerem i usiłował pogodzić mennonitów z remonstrantami. Ożenił się z bogatą mieszczką gdańską i nawrócił żonę, jej rodzinę, znajomych i wielu gdańszczan. Te sukcesy nie uszły uwagi rajców miejskich, którzy w większości należeli do miejscowego Kościoła luterańskiego. Za wzorem polskiego Sejmu (który wygnał braci polskich z Rakowa), rajcy skazali w 1638 Ruara na banicję po 7 latach pobytu w Gdańsku. Jednak Ruar jako prawnik zażądał oficjalnego procesu sądowego, powoływał się też na poparcie polskich magnatów – protektorów braci polskich. Argumentował, że doktryna jego wiary, niesłusznie nazywana „arianizmem”, bazuje w rzeczywistości na Biblii. Rajcy odwołali banicję pod warunkiem zaprzestania działalności misyjnej.