28 lipca 1944, został odznaczony Krzyżem Rycerskim z mieczami i otrzymał awans za dowodzenie siłami niemieckimi w trakcie walk o Wilno z siłami AK i Armii Czerwonej (po pięciodniowej obronie Wilna przedarł się z częścią swoich wojsk z okrążonego miasta).
27 lipca 1944 mianowany komendantem wojskowym miasta Warszawy, do której przybył jeszcze tego samego dniaTadeusz Sawicki, Rozkaz Zdławić powstanie. Niemcy i ich sojusznicy w walce z powstaniem warszawskim, Wydawnictwo Bellona, Warszawa 2010, s. 17, 21.. 1 sierpnia 1944, po wybuchu powstania warszawskiego Stahel został otoczony i izolowany w kwaterze głównej w Pałacu Saskim przez powstańców, którzy jednocześnie przerwali kontrolę niemiecką nad sytuacją w mieście (nie odcinając jednakże łączności telefonicznej Stahela z Rzeszą). 2 sierpnia 1944 na podstawie rozkazu Himmlera jako dowódcy Armii RezerwowejPo zamachu na Hitlera 21 lipca 1944 Himmler przejął dowództwo nad wszystkimi siłami na zapleczu frontu od gen. Friedricha Fromma, współuczestnika sprzysiężenia Stauffenberga. dowództwo nad całością sił niemieckich w obszarze Warszawy objął Erich von dem Bach-Zelewski, a Stahel uzależniony został od nowego dowódcy.