Kościół św. Sebastiana i Rocha – XVI-wieczny kościół wznoszący się na wzniesieniu pośród mokradeł pod murami ówczesnego Krakowa (w pobliżu obecnej ulicy św. Sebastiana w Krakowie). Z powodu uszkodzeń spowodowanych huraganem kościół został zlikwidowany na początku XIX wieku.
Historia Kościół został wzniesiony z inicjatywy rajców krakowskich w 1528 na wyspie pośród rozlewisk pod murami miejskimi. Stanowił kaplicę dla ufundowanego jednocześnie szpitala dla chorych wenerycznie. W 1534 biskup Piotr Tomicki zatwierdził erekcję szpitala i przydzielił kapelana. W akt biskupiej wizytacji z 1599 wynika, że pierwotnie nosił wezwanie św. Fabiana i Sebastiana; był zbudowany z drewna, a wewnątrz znajdowały się cztery ołtarze. Na wyspę z kościołem i szpitalem prowadził mostek. Szpital znajdował się w zabudowaniach położonych nieopodal. Służył nie tylko syfilitykom; umieszczano tu chorych w czasie epidemii nawiedzających Kraków.