Od podstaw tworzył (razem z prof. Adamem Paszewskim) ogród botaniczny UMCS i był jego pierwszym dyrektorem. Nie udało mu się jednak doprowadzić do połączenia terenu Ogrodu Botanicznego z unikatowym krajobrazowo i florystycznie obszarem Górek Czechowskich. Część terenu przewidzianą do ochrony zajęły budynki.
Profesor Fijałkowski był zdecydowanym przeciwnikiem melioracji Polesia. Tak jak ostrzegał, doprowadziło to do zniszczenia cennych ekosystemów, podobnie jak rozwój Lubelskiego Zagłębia Węglowego.
Jest autorem licznych prac o charakterze publicystycznym, w których opowiadając się za ochroną środowiska zajmował bezkompromisowe stanowisko, nie stroniąc od dość ostrych wypowiedzi.
Jego postać jest obecna w sześciu wydaniach językowych „Who is Who?” (m.in. w Indiach) oraz w słowniku oksfordzkim. Był członkiem Nowojorskiej Akademii Nauk. W USA wpisano go również na listę 5000 najbardziej zasłużonych dla świata obywateliLubelski Monitor Miejski, nr 11(16), listopad 1994, s. 12..
Odznaczony został m.in. Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski, Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski, Złotym Krzyżem Zasługi, Medalem Komisji Edukacji Narodowej i najwyższym odznaczeniem Ligi Ochrony Przyrody – „Zielone Serce Przyrodzie”Dominik Fijałkowski na stronie Roztoczańskiego Parku Narodowego.