W kwietniu 1996 muzycy zagrali akustyczny koncert z cyklu MTV Unplugged, którego zapis ukazał się na albumie Unplugged; ; .. Zadebiutował on na 3. pozycji w zestawieniu Billboard 200 oraz uzyskał certyfikat złotej płyty w Australii i w Kanadzie, podwójnej platyny w Stanach Zjednoczonych i srebrnej w Wielkiej Brytanii. 5 kwietnia 2002 zmarł Staley; ; ; ., co doprowadziło do zawieszenia działalności przez zespół na trzy lata. Od 2006 formacja występuje z Williamem DuVallem; ; ; .. 25 kwietnia 2009 zespół podpisał kontrakt z Virgin/EMI, kończąc tym samym 20-letnią współpracę z Columbia. Pod koniec września ukazał się czwarty album studyjny, Black Gives Way to Blue; .. Zadebiutował on na 5. miejscu w zestawieniu Billboard 200, a także uzyskał certyfikat złotej płyty w Kanadzie i w Stanach Zjednoczonych. 28 maja 2013 muzycy opublikowali nakładem Capitol piąty album studyjny, The Devil Put Dinosaurs Here, który zadebiutował na 2. lokacie w zestawieniu Billboard 200. 24 sierpnia 2018 muzycy wydali za pośrednictwem BMG szósty album studyjny – Rainier Fog. Uplasował się on na 12. lokacie Billboard 200.