Ci Aleksandryjczycy używali go dla określenia alegorycznego i duchowego znaczenia Biblii, hermeneutyki mistycznej: την μυστικήν ἑρμηνείαν (ten mystiken hermeneian). Poszukiwanie tego duchowego sensu stanowi mistyczną drogę prowadzącą do oświecenia. Według Orygenesa wzorem duchowej drogi każdego człowieka było wyjście z niewoli „świata” do wolności Boskiej, którego archetypem było wyjście z Egiptu narodu wybranego prowadzonego przez Mojżesza.
W liturgii Eucharystię określano jako ucztę mistyczną, ołtarz jako stół mistyczny, a chleb eucharystyczny – chleb mistyczny. Często także chrzest określano jako mistyczne narodziny. Święty Grzegorz z Nyssy określił ochrzczonych odrodzonymi przez mistyczną ekonomię. Katechumenat był okresem wtajemniczenia w doświadczenie wiary (mistagogia). Kandydat na chrześcijanina czyli katechumen, przechodził od zewnętrznej tylko znajomości prawd wiary do wewnętrznego ich zrozumienia.
M. in. u Orygenesa termin mistyczny stał się też określeniem duchowego poznania Boga. Klasycznym autorem, który miał później ogromny wpływ na średniowieczną duchowość, był Pseudo-Dionizy Areopagita. Pisał on m.in.:
W XVI w. tradycję tę podjął Jan od KrzyżaJ.A. Kłoczowski, Mistyka, s. 83.: