II wojna światowa thumb|Gen. Sowiński na szańcach Woli autorstwa Wojciecha Kossaka. Reprodukcja obrazu wisi w holu liceum (tzw. Wembley) W 1939 szkoła stała się schronieniem dla uchodźców z Wielkopolski, którzy sformowali 600-osobowy Ochotniczy Hufiec Pracy i brali udział w obronie Warszawy. Komendantem hufca został jeden z nauczycieli − prof. Feliks Różycki. Po kapitulacji Warszawy personel zajął się remontem budynku. 1 października 1939 roku władze okupacyjne wezwały nauczycieli miejskich szkół średnich do stawienia się w Miejskim Wydziale Szkolnym przy ul. Koszykowej. Tam większość z nich aresztowano i wywieziono na Pawiak. Z grona nauczycieli I Gimnazjum i Liceum im. gen. Sowińskiego aresztowani zostali: dyrektor Emanuel Łoziński oraz profesorowie: Julia Chełmińska, Zofia Dudzianka, Feliks Różycki i Ludwik Stańczykowski. Po 3 tygodniach, wskutek interwencji prezydenta Warszawy Stefana Starzyńskiego, część nauczycieli została zwolniona. Dyrektora Łozińskiego zwolniono dopiero po 2 miesiącach.