Inne badania (Nesbitt, 2003; Nesbitt, 2007) zasugerowały jednak, że rauizuchy (nieobejmujące krokodylomorfów) mogą być grupą monofiletyczną (choć w drugiej z tych publikacji monofiletyczna grupa obejmująca zwierzęta tradycyjnie zaliczane do rauizuchów – m.in. Shuvosauridae, arizonazaura, postozucha i zaurozucha – pozostaje nienazwana). Oprócz tych kwestii, przedmiotem sporów jest też często przynależność poszczególnych rodzajów rauizuchów do konkretnych rodzin; np. postozucha i teratozaura pierwotnie zaliczano do rodziny Poposauridae (Parrish, 1993; Alcober i Parrish, 1997), obecnie jednak częściej są one zaliczane do Rauisuchidae (Long i Murry, 1995; Sulej, 2005).
Według analizy Stephena Brusattego i współpracowników (2010) rauizuchy są taksonem monofiletycznym dzielącym się na dwie podgrupy – Rauisuchoidea (do której należały Rauisuchidae i Prestosuchidae oraz rodzaje Arganasuchus, Fasolasuchus, Stagonosuchus i Ticinosuchus) oraz Poposauroidea (obejmująca rodzaje Yarasuchus, Qianosuchus, Arizonasaurus, Bromsgroveia, Lotosaurus, Poposaurus, Sillosuchus oraz grupę Shuvosauridae, do której należą Effiggia i Shuvosaurus). Z analizy tej wynika też, że rauizuchy są siostrzane do kladu tworzonego przez rodzinę Ornithosuchidae i rodzaj Revueltosaurus, zaś krokodylomorfy są bliżej spokrewnione z aetozaurami niż z rauizuchami.