Był pierwszym Tajwańczykiem (benshengren) pełniącym urząd przewodniczącego KMT i prezydenta Republiki Chińskiej. Doprowadził do dostosowania struktur administracyjnych państwa do samego Tajwanu (a nie całych Chin), m.in. reformując całkowicie sposób zarządzania prowincją Tajwan. Zwolennik niezależności Tajwanu od Chińskiej Republiki Ludowej, która w 1996 roku usiłowała zapobiec jego wyborowi, urządzając ćwiczenia wojskowe u wybrzeży wyspy (tzw. trzeci kryzys w Cieśninie Tajwańskiej). Uważał, że jakiekolwiek negocjacje z ChRL powinny być prowadzone jako negocjacje dwóch suwerennych krajów.
Pod koniec kadencji popadł w konflikt z Jamesem Soongiem, popularnym politykiem KMT i w wyborach prezydenckich oficjalnie poparł Lien Chana. W wyniku podziału głosów między Soonga (startował jako niezależny) i Liena, wybory wygrał pochodzący z Demokratycznej Partii Postępowej (DPP) Chen Shui-bian. Oskarżony o rozbijanie partii i umożliwienie Chenowi wygranej, wystąpił w 2000 roku z Kuomintangu i założył własną Unię Solidarności Tajwanu, ugrupowanie wspierające proniepodległościową linię DPP.