Był poszukiwany przez Niemców z polecenia ministra Rzeszy do spraw okupowanych terytoriów wschodnich Alfreda Rosenberga. Jesienią 1944, po ponownym wkroczeniu Sowietów, opuścił Lwów i przeniósł się do Lublina. Od 1945 profesor Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego (dziekan tamtejszego wydziału prawa), a potem Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie. Zajmował się głównie historią prawa kościelnego, napisał też obszerną monografię Religia w Trzeciej Rzeszy (1936), a po wojnie krótkie opracowanie Mistyczne podstawy narodowego socjalizmu (1946), w którym wskazuje na dwojakie korzenie nazizmu jako będącego w opozycji zarówno do katolicyzmu, jak i racjonalizmu. Przed wojną jego prace ukazywały się w poznańskiej Księgarni św. Wojciecha, w Lwowskim Towarzystwie im. Piotra Skargi i w warszawskim wydawnictwie Akcji Katolickiej.
Jego żoną była malarka Eugenia Halban z domu Spirin. W okresie powojennym, po opuszczeniu Lwowa, małżonkowie rozstali się bez formalnego rozwodu. Leon Halban osiadł w Lublinie, Eugenia Halban mieszkała i tworzyła w Krakowie.
thumb|240px|Grób prof. Leona Halbana na cmentarzu przy LipowejOd czasu okupacji niemieckiej poruszał się na wózku inwalidzkim, w 1959 amputowano mu nogi. Zmarł w 1960 i został pochowany na cmentarzu przy ul. Lipowej w Lublinie.