Układ torowy właściwie nie daje możliwości połączenia obu linii.
Rys historyczny thumb|left|150px|Pierwszy dworzec (1877/Meiji 10) thumb|left|150px|Drugi dworzec (1915/Taishō 4) Linię kolei rządowej (późn. 国鉄 Kokutetsu) doprowadzono do Kioto od strony Kobe i Osaki w 1876/Meiji 9 r., a w rok później dociągnięto ją do nowo otwartego dworca Kyōto. W 1879/Meiji 12 linię przedłużono w kierunku Jeziora Biwa, przez tunele (m.in. pod Higashiyamą). W 1895/Meiji 28 powstała linia kolei prywatnej do Nary, w 1897 – do Maizuru (także prywatna, obecna linia JR Sagano). Dworzec Kyōto stał się węzłem. Obie koleje upaństwowiono w 1906/Meiji 39 r.
W 1895 r. sprzed dworca wyruszył pierwszy tramwaj elektryczny w Japonii.
Drugi budynek, otwarty w 1915/Taishō 4 r., należał do najokazalszych na dworcach japońskich. Zaprojektowany został przez arch. 渡辺 節 Setsu Watanabe w stylu wczesnego modernizmu. Stanowił on scenerię wielu uroczystości państwowych związanych z wizytami cesarzy w dawnej stolicy. Dworzec spłonął w 1950/Shōwa 25 r.