łokci materiału i trochę prażonej kawy.
Kara Czynności procesowe przeciągały się. Za sześć udowodnionych przestępstw został osądzony przez sąd kryminalny w Pradze. 1 grudnia 1840 skazano go na 20 lat ciężkiego więzienia. Apolena Hoffmann otrzymała 12 lat ciężkiego więzienia. Zmarła jednak 15 dni po ogłoszeniu wyroku na gwałtowny krwotok. Miała 41 lat.
10 czerwca 1841 Babinský został uwięziony w brneńskiej twierdzy Špilberk jako więzień nr 1042. Twierdza ta gościła w swych kazamatach najbardziej niebezpiecznych przestępców monarchii habsburskiej. Babinský dał się poznać jako spokojny więzień. Ufność kapelana, a potem kierownictwa więzienia zyskał swą pokorą i religijnością – nosił przy sobie różaniec i przy każdej okazji modlił się. Pomogło mu to w osiągnięciu stanowiska więziennego pielęgniarza, za co otrzymywał wynagrodzenie. 29 maja 1855 więzienie w Špilberku zostało zlikwidowane, zamieniono je na koszary, a Babinský na dalszych sześć lat więzienia został przewieziony do Kartouz (dziś Valdice) koło Jičína. Od odzyskania wolności w 1861 roku do swej śmierci w 1879 pracował jako ogrodnik w klasztorze zakonu sióstr Boromeuszek w Řepach przy Pradze, które zajmowały się uwięzionymi tu kobietami. Mieszkał w pobliżu klasztoru, wyplatał koszyki i maty ze słomy. Zmarł 1 sierpnia 1879.