Stanisław Kubski angażował się w duszpasterstwie: dzieci, młodzieży, ubogiej inteligencji, robotników, rzemieślników, wiele czasu spędzał na adoracji Najświętszego Sakramentu, prowadził także działalność charytatywną.
Po wybuchu II wojny światowej niemieccy narodowi socjaliści aresztowali go 8 września 1939 Prowadzony przez miasto ksiądz musiał iść z rękoma uniesionymi nad głową. Pierwszą noc spędził klęcząc na dziedzińcu koszarowym. Przewieziono go najpierw do Piły, stamtąd 21 listopada 1939 skierowano do Buchenwaldu (KL), gdzie przez rok pracował w kamieniołomach i poddawany był torturom. Skrajnie wycieńczony, ze złamaną ręką trafił następnie do niemieckiego obozu koncentracyjnego w Dachau i oznakowany numerem obozowym 21878. W relacjach świadków zachował pogodę ducha i odznaczał się wielką pobożnościąks. Dezydery Wróblewski Biografie męczenników.. Zapamiętano go, jak na barłogu odmawiał różaniec, trzymając w ręku kawałek sznurka z zaplecionymi supłami. Starszego, chorego na świerzb, owrzodzonego i ważącego 39 kg księdza, uznano w maju 1942 za niezdolnego do pobytu w obozie pracy i włączony został do tzw. transportu inwalidów. Ciało bł. Stanisława Kubskiego zostało spopielone w krematorium miejskim w Monachium.