Nieoczekiwanie dla niego samego został poproszony przez ówczesnego gubernatora porucznika Górnej Kanady sir George Arthura, by został kierownikiem jego sekretariatu. Wraz z tą funkcją przyjął także zadania sędziego pokoju prowincji oraz został powołany do palestry, powracając w ten sposób wbrew wcześniejszym intencjom, do czynnego życia zawodowego.
Czteroletni okres urzędowania Harrisona przypadł na burzliwy okres w historii Kanady i zbiegł się z rebelią. Do zakresu obowiązków Harrisona należało przeanalizowanie przyczyn wydarzeń. Stworzył on szereg raportów dających znakomitą analizę historyczną, społeczną, polityczną i gospodarczą sytuacji w Kanadzie lat trzydziestych XIX w. Raporty te, jak i wnioski z nich płynące posłużyły Lordowi Durham, specjalnemu wysłannikowi z Metropolii, w jego historycznym raporcie do władz brytyjskich, rekomendującym zmiany w konstytucji Kanady. Po przeprowadzaniu unii obu części Kanady i powołaniu rządu Prowincji Kanady, Harrison stał się „prawą ręką” jej gubernatora generalnego, Lorda Sydenhama. Stał się także naturalnym kandydatem na premiera świeżo powołanego rządu prowincji. W rządzie Harrison reprezentował umiarkowanych reformistów, podczas gdy wyznaczony mu do pomocy jako ko-premier William Draper reprezentował umiarkowanych konserwatystów.