W 1988 zespół opuściło czterech muzyków, pozostali tylko Kaspel i Silverman. Dołączyli m.in. Niels Van Hoornblower (saksofony, flet, klarnet) i Bob Pistoor (gitara). W kolejnych latach LPD nagrał swoje najpopularniejsze płyty: The Golden Age, Crushed Velvet Apocalypse i The Maria Dimension. Specjalizacją zespołu stały się długie przestrzenne improwizacje, bogate aranżacje oraz "kosmiczne" ballady (najbardziej znana: Belladonna). W 1992, po nagraniu The Maria Dimension, u Boba Pistoora wykryto nieuleczalny nowotwór. Po jego śmierci gitarzystą zespołu został Martijn De Kleer.
LPD w Polsce thumb|Edward Ka-Spel The Legendary Pink Dots od początku lat 90. stał się w Polsce zespołem kultowympor np. . Nazywany bywał „Kropy” lub „Kropki”.
Do popularyzacji muzyki LPD przyczyniły się radiowe audycje Tomasza Beksińskiego, który (głównie w radiowej Trójce) prezentował kolejne płyty oraz interpretacje i własne tłumaczenia tekstów. Środkowy fragment utworu Neon Mariners z płyty Any Day Now otwierał nocne audycje Beksińskiego. Po śmierci Beksińskiego ukazały się w 2001 polskie edycje płyt The Legendary Pink Dots, dedykowane przez zespół dziennikarzowi.