Następstwa działalności Aresztowanie Amesa wstrząsnęło agencją i doprowadziło do dużych zmian w CIA. Kongres zażądał przeprowadzenia porządków w CIA, doszło do odejścia ówczesnego dyrektora, Roberta Woolseya, a kilku wysokich rangą urzędników odeszło na wcześniejszą emeryturę. Dostęp do utajnionych dokumentów został zaostrzony, zmieniono także procedurę posługiwania się informacją o tożsamości nowo zwerbowanych agentów. Stan materialny pracowników agencji jest od tej pory dokładniej badany – przed zakupieniem domu czy samochodu pracownik CIA musi wcześniej rozliczyć się z biurem bezpieczeństwa agencji.