Śledztwo Dopiero rok po zniknięciu agentów współpracujących z CIA utworzono specjalną grupę śledczą, która miała wyjaśnić straty z 1985 roku. W tym samym czasie Ames zgłosił się na test z wykrywaczem kłamstw pierwszy raz od czasu kiedy zaczął współpracować z KGB. Podczas pytania o kontakt z obcokrajowcami aparat zanotował kłamstwo. Ames wytłumaczył się, że często podróżuje do Kolumbii wraz z żoną i tam wszedł w kontakt z obcokrajowcami. Wytłumaczenie przyjęto bez sprawdzania i Ames mógł dalej prowadzić swą działalność. Śledztwo prowadzone w sprawie utraty agentów wskazało na ambasadę USA w Moskwie, gdzie wykryto strażnika Piechoty Morskiej z ochrony ambasady , który zwerbowany przez KGB za pomocą tzw. jaskółki, umożliwiał dostęp do niektórych gabinetów w amerykańskiej ambasadzie w Moskwie. Drugim szpiegiem zdemaskowanym podczas śledztwa był Harold Nicholson, kierownik wydziału CIA w centrum antyterrorystycznym. Dopiero w 1989 roku po raz pierwszy postanowiono zbadać działalność Amesa. Diana Worthen, która niegdyś z nim pracowała, zaczęła podejrzliwie przyglądać się jego rozrzutności i doszła do wniosku, że Aldrich Ames przestał przejmować się pieniędzmi zaraz po zniknięciu agentów w 1985 roku. Powiadomiła o tym Biuro Bezpieczeństwa Agencji. Nic w tej sprawie nie uczyniono.