Służba wojskowa Ehud Barak w dniu 8 listopada 1959 wstąpił do Sił Obronnych Izraela. Po przejściu podstawowego szkolenia wojskowego rozpoczął służbę w 9 Batalionie Piechoty. Bardzo szybko został dostrzeżony przez dowódców i zakwalifikowany do elitarnej jednostki Sajjeret Matkal. Z tego okresu służby niewiele informacji zostało odtajnionych. Wiadomo, że w latach 1963–1964 uczestniczył jako dowódca grupy rekonesansowej w operacjach „Haluc” i „Szrakrak” w Egipcie, podczas których izraelscy komandosi zdobyli informacje wywiadowcze o dyslokacji egipskich wojsk. Operacje te zostały uznane za kluczowe do osiągnięcia zwycięstwa w wojnie sześciodniowej w 1967. W maju 1972 w przebraniu technika uczestniczył w akcji uwolnienia zakładników z porwanego samolotu „Sabena”. W kwietniu 1973 w przebraniu kobiety osobiście uczestniczył w operacji „Źródło Młodości” w centrum Bejrutu (Liban). W jej trakcie zabito najważniejszych członków palestyńskiej organizacji terrorystycznej Czarny Wrzesień, którzy odpowiadali za zamach na izraelskich olimpijczyków w MonachiumKomentarz i wywiad z E. Barakiem w filmie Zemsta Goldy Meir w TV Historia. Barak opowiada, jak przebrani wraz z innymi komandosami za kobiety dokonali likwidacji palestyńskiego terrorysty..