W Ałtaju Mongolskim znajdują się źródła największej rzeki Mongolii Zachodniej Kobdo, jak też źródła rzeki Irtysz – największego dopływu rzeki Ob (jest dłuższy od niej). Północne zbocza, do wysokości 2600 m n.p.m. częściowo porośnięte lasami (tajga), w których głównym drzewem jest modrzew. Cała południowo-wschodnia część jest pozbawiona lasów, od wysokości 2600 m n.p.m. jest wieczna zmarzlina. Znaczny udział stepów, a w obszarach wysokogórskich tundry górskiej.
W górach tych żyją rzadkie zwierzęta, m.in. pantera śnieżna i niedźwiedź brunatny. Na rzece Bulgan gol (lewy dopływ górnego Irtyszu) występują bobry. Z tego obszaru pochodzą liczne, choć nie potwierdzone doniesienia o spotkaniach z Yeti, którego tu nazywają ałmas.
Ze względu na lepszą jakość pastwisk górskich Ałtaj Mongolski jest relatywnie gęsto zaludniony. Tak ajmak bajanolgijski (leży w całości w obrębie najwyższej części tego pasma górskiego) ma gęstość zaludnienia 2,2 os./km² (druga lokata w Mongolii). Północno-zachodnia część Ałtaju Mongolskiego jest zasiedlona głównie przez Kazachów, dalej na południowy wschód są plemiona zachodniomongolskie i Mongołowie. Większość populacji prowadzi tryb życia koczowniczy lub półkoczowniczy.