W 1940 był aresztowany przez NKWD i osadzony w więzieniu na Łukiszkach; liczne wyjazdy zagraniczne, jakie w celach naukowych i wypoczynkowo-turystycznych podejmował w okresie międzywojennym, wykorzystano do wysunięcia przeciw Janowiczowi zarzutu szpiegostwa, został jednak zwolniony z więzienia po interwencji żony. Od 1941 pozostawał bez stałego zatrudnienia i praktykował prywatnie; udzielał m.in. pomocy medycznej żołnierzom polskiego podziemia, będąc razem z Jerzym Dobrzańskim lekarzem Armii Krajowej okręgu wileńskiego. Kilka lat później, w czasie Akcji „Burza”, prowadził szpital polowy w Kolonii Wileńskiej, gdzie operował polskich rannych.
W nocy z 16 na 17 września 1943 został aresztowany przez Niemców; był wśród 100 zakładników, przedstawicieli polskiej wileńskiej inteligencji, zatrzymanych po zabójstwie litewskiego kolaboranta, inspektora policji kryminalnej Marianasa Padabasa. Dziesięcioro wybranych losowo zakładników, m.in. profesora onkologii Kazimierza Pelczara, adwokata Mieczysława Engiela, profesora prawa skarbowego Mieczysława Gutkowskiego, rozstrzelano w Ponarach, a pozostałych, w tym doktora Janowicza, skierowano do obozu koncentracyjnego w Proweniszkach koło Kowna. Stamtąd zwolniono go po staraniach rodziny i skierowano ponownie do pracy w Wilnie.